Há diversas alternativas de transporte para chegar em Morro de São Paulo que tanto variam no custo quanto no tempo gasto na viagem. As cidades que dão acesso a Morro de São Paulo são Salvador e Valença.
À partir de Salvador as alternativas de transporte para Morro de SP são os táxis aéreos, as lanchas/catamarãs, e ainda uma combinação de balsa, ônibus/carro e barco/lancha. Entretanto quem estiver viajando de ônibus ou carro terá que passar pela cidade de Valença e de lá pegar um barco ou lancha para Morro de São Paulo, já que em Morro de SP não entram carros e nem circulam ônibus.
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Seja qual for a forma escolhida, ao planejar a sua viagem para o Morro, fique atento e verifique os horários de partida destes transportes, já que os horários são restritos. Portanto, vindo de outras cidades, planeje sua chegada à Salvador ou Valença com tempo suficiente para poder pegar o meio de transporte escolhido. Além disto, no período de alta temporada é aconselhável fazer reserva com antecedência para garantir o seu lugar.